Una situazione di disallineamento tra spese e rimborsi, che comporta la necessità per il contribuente di modificare la dichiarazione, può verificarsi nel caso in cui la cassa avente fini assistenziali abbia comunicato i dati dei rimborsi senza distinguere tra spese automaticamente agevolabili e spese agevolabili a determinate condizioni oppure tra spese sanitarie e spese non sanitarie (per esempio nel caso di rimborsi relativi a fatture emesse da strutture socio-sanitarie in cui non sono distinte le spese sanitarie e le spese di comfort).

Un'altra ipotesi di disallineamento tra spese e rimborsi riguarda il caso in cui la cassa sanitaria non abbia distinto, nella comunicazione, la parte di rimborsi che riguarda le spese sanitarie riferite ai familiari dell'iscritto. In questa ipotesi, nella dichiarazione precompilata dell'iscritto non vengono riportati né le spese sanitarie né i rimborsi, mentre nel foglio riepilogativo vengono riportate le spese sanitarie da questi sostenute e tutti i rimborsi erogati dalla cassa.

In questo caso, se i familiari cui si riferiscono le spese rimborsate sono fiscalmente a carico, il contribuente integra la dichiarazione riportando le spese sanitarie sostenute per sé e per i familiari a carico al netto dei relativi rimborsi. Se, invece, i familiari cui si riferiscono le spese rimborsate non sono fiscalmente a carico, il contribuente riporta nella dichiarazione solo le spese sostenute per se stesso al netto dei relativi rimborsi.